存货盘亏时，首先也应计入待处理财产损溢，借记“待处理财产损溢——待处理流动资产损溢”，贷记“存货”，按规定手续报批后，根据根据造成存货盘亏或毁损的原因，分别按以下情况进行处理：
属于计量收发差错和管理不善等原因造成的存货短缺，应先扣除残料价值、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入管理费用；属于自然灾害等非常原因造成的存货毁损，应先扣除处置收入（如残料价值）、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，将净损失计入营业外支出。
存货盘亏相关会计分录如下：
（一）盘亏时：
借：待处理财产损溢
贷：原材料、库存商品等
（二）批准处理后：
借：管理费用（收发计量差错或管理不善造成的损失）
营业外支出（自然灾害等）
其他应收款（保险赔偿款）
贷：待处理财产损溢
（三）存货发生非正常损失时应做进项税转出。
存货盘亏是盘点后存货的账面结存数大于实际结存数的情况。企业在生产经营过程中除正常损失外，因自然灾害、管理不善等原因造成货物的损毁，主要包括外购货物和自制半成品、在产品、产成品的短少，即税法中所称的"非正常损失"。
根据增值税暂行条例及其实施细则，非正常损失的购进货物及其相应的应税劳务，非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或应税劳务，其进项税额不得从销项税额中抵扣。故纳税人存货盘亏需分析具体原因，凡属于非正常损失造成的，对应的进项税额需做转出处理。
