计算机辅助审计技术主要问题有思想认识不够、缺乏复合型审计人才、审计条件不足、培训制度缺失，具体如下：
1、思想认识不够
一些基层审计机关由于多年来的传统审计的观念、方式和方法的制约，很多审计人员还停留在传统的审计方法和模式上。目前基层审审计人员计算机专业知识水平不高、审计队伍年龄偏大，一时难以适应计算机辅助审计，致使现有的计算机设备、软件应用不够广泛。
2、缺乏复合型审计人才
目前基层审计机关计算机审计专业人才紧缺，一方面是由于审计队伍老龄化比较严重，部分审计人员虽然有丰富的财会、审计知识和经验，但他们接触计算机辅助审计的机会较少。另一方面年轻的审计人员虽然掌握了一定的计算机知识，但非审计、财会、计算机专业毕业，缺乏深层次的计算机审计工作。计算机辅助审计需要一批既掌握财会知识，又熟悉计算机技术的复合型人才。
3、审计条件不足
目前基层大部分部门和单位在财务收支管理上仍未应用计算机进行会计核算，有的单位仅仅对财务系统进行了信息化核算，没有建立业务数据信息系统，受被审计单位信息化水平的制约，计算机审计条件不足，无用武之地。
4、培训制度缺失
随着民生专项资金和政府投资项目的持续增多，基层审计的任务加大，干部忙于具体工作的时间较多，集中开展教育培训的时间相对较少，尤其对计算机审计这一方面的培训更少。
基层审计机关计算机辅助审计的对策如下：
1、强化思想教育
教育引导审计干部从传统的审计方式和思维模式中解放出来，充分认识开展计算机审计是全面推行无纸化办公、提高审计工作质量和效率、解决审计力量不足与审计任务繁重这一矛盾的有效途径，增强工作的紧迫感和责任感。基层审计机关只有全面解放思想，创新理念，明确审计发展的趋势和方向，提高计算机审计意识，才能克服工作中的困难，推进计算机审计工作全面开展。
2、优化知识结构
审计干部要积极适应新形势、新任务对审计工作的新要求，培养造就一支复合型审计人才队伍。基层审计机关要积极开展培养计算机审计高手活动，通过报考、引进、培训等形式，为每个审计组配备1名计算机审计能手，全面提高审计组的计算机审计水平和实战能力。
3、加大经费投入，夯实计算机审计基础
本级财政对基层审计机关要从经费预算上给予保障，上级审计机关也要加大对基层审计机关的支持力度。同时对计算机配置、网络建设及所需财力的投入要做到统筹规划，确保基层审计机关能正常开展计算机审计工作。
4、突出考核管理
要将计算机审计的推广与应用作为审计工作的一项硬要求来强力推进，落实到每个审计组、每个审计项目中，凡具备开展计算机审计条件的必须全部实施计算机审计。把计算机审计开展情况作为评选年度优秀审计项目、优秀审计人员的重要条件，纳入年度考核目标进行管理，充分调动审计干部学习应用计算机审计的积极性和主动性，努力推动计算机审计的发展。
