专项审计调查的方法主要有审阅调查法、重点调查法、实地访谈法、问卷调查法四个，具体解释如下：
1.审阅调查法
即审计人员查阅被调查单位的会计账目和资料，调阅审计档案和文件，收集资料，取得相关的数据。
2.重点调查法
即在审计过程中选取被调查单位的全部经济活动中一部分最具有代表性或典型性的资料进行重点调查。
3.实地访谈法
即审计人员直接对被调查单位相关人员进行实地走访座谈了解被审计对象的真实情况，通过明察暗访的方式掌握其单位管理的全过程，抽查部分对象，核实人员发放名单、金额等实际情况。
4.问卷调查法
即可采用设问式或表格式的试卷由被调查者据实填写。一份好的调查表，不仅有利于审计调查事项的汇总，更是对审计重点的直观反映，对于引领整个审计调查工作、把握方向具有十分重要的作用。
专项审计调查是是审计机构运用审计方法和调查方法，依据国家有关法律法规，对本部门、本单位和所属单位有关经济活动的特定事项，向有关部门和单位进行的专门调查活动。
通常专项审计调查目标包括：摸清情况，揭露问题，评价效益，挖掘潜力，改进管理，完善法规制度等。我们可以根据审计调查目标确定审计调查的内容，具体内容可包括某单位制度是否存在缺陷，某项目管理是否完善，某种资金的使用是否存在损失浪费，效益低下的问题。
