开给对方公司运费的具体会计处理如下：
1、运输属于企业主营业务的：
借：应收账款——公司名称
贷：主营业务收入
应交税费——应交增值税（销项税额）
2、如果运输不属于企业主营业务：
借：应收账款——公司名称
贷：其他业务收入
应交税费——应交增值税（销项税额）
根据相关条例规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。其中，价外费用包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。所以，运输费应并入销售额中，确认对应收入。
