独立核算的分公司应当在总公司税务机关统一汇算清缴之前，将分公司的营业收支等情况向总公司税务机关进行报送，而总公司应当将分公司及其所属机构的营业收支纳入总机构汇算清缴等情况，由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关报送企业所得税月（季）度预缴纳税申报表，并预缴税款。
分公司独立核算指的是分公司作为一个单独的会计核算主体，进行单独核算，单独建账进行管理。主要体现为在管理上具备独立的组织形式，有一定数量的资金；分公司独立核算能够独立进行经营活动，和其他单位签订经济合同；分公司独立核算有着完整的会计工作组织体系，可以独立计算盈亏。
