同业存放属于负债类科目，反映借方减少，贷方增加。即借方科目登记减少的存款；贷方科目登记增加的存款。期末贷方余额，反映企业吸收的同业存放款项。
同业存放科目核算企业（银行）吸收的境内、境外金融机构的存款，可按存放金融机构进行明细核算。
企业增加存款，应按实际收到的金额，借记“存放中央银行款项”等科目，贷记本科目。减少存款做相反的会计分录。
“系统内资金调拨”的核算处理属于典型的同业存放业务，下面将详细介绍同业存放的有关账务处理：
1、上存备付金时，可通过人民银行将款项直接存入总行清算中心。
处理手续：存入时，依据资金营运部门的资金调拨单，填制人民银行电汇（信汇）凭证，送交人民银行汇至总行清算中心。同时填制特种转账凭证一式两联进行账务处理，分录编制如下：
借：其他应收款——待处理汇划款项
贷：存放中央银行款项
2、总行清算中心收到各清算行和省分行上存的备付金后，编制如下会计分录：
借：存放中央银行款项
贷：同业存放——系统内款项存放——××清算行备付金存款
3、待清算行和省分行接到总行清算中心的借记信息后，由系统自动进行账务处理，分录如下：
借：存放同业——系统内上存款项——上存总行备付金
贷：其他应收款——待处理汇划款项
4、若是总行清算中心给二级分行调回资金，则应编制如下会计分录：
借：同业存放——系统内款项存放——××清算行备付金存款
贷：存放中央银行款项
5、二级分行收到总行调回资金通知，编制分录如下：
借：其他应收款——待处理汇划款项
贷：存放同业——系统内上存款项——上存总行备付金
6、二级分行收到当地人民银行收账通知，编制分录如下：
借：存放中央银行款项
贷：其他应收款——待处理汇划款项
