“清算资金往来”属于资产负债共同性科目，借贷方向为借方科目表示划付清算资金，贷方科目表示收到的清算资金。期末如果为借方余额，反映该银行应收的清算资金，即为银行资产；如果期末为贷方余额，则反映银行应付的清算资金，就是银行的负债。
清算资金往来的账务处理主要涉及跨系统转汇的业务核算和同城票据交换业务两种情况，具体如下：
跨系统转汇的业务核算
跨系统转汇是指由于客户办理异地结算业务而引起的各商业银行之间相互汇划款项的业务。
相关账务处理如下：
（1）“先横后直”的方式
该方式适用于汇出行所在地为双设机构地区时的款项汇划。所谓双设机构地区，是指汇出行所在地区设有跨系统汇入行系统的银行机构。在这种情况下，应采取“先横后直”的方式在汇出行办理转汇，即汇出行先通过同城票据交换将款项划至汇入行在当地的联行机构（转汇行），由其通过系统内电子汇划款项汇往汇入行。
甲地汇出行应编制如下会计分录：
借：活期存款——付款人
贷：存放中央银行款项（或存放同业款项）
甲地转汇行应编制如下会计分录；
借：存放中央银行款项（或存放同业款项）
贷：清算资金往来——联行往来
乙地汇入行应编制如下会计分录:
借：清算资金往来——联行往来
贷：活期存款——收款人
（2）“先直后横”的方式
该方式适用于汇出行所在地为单设机构地区，而汇入行所在地为双设机构地区时的款项汇划。所谓单设机构地区，是指汇出行所在地没有汇入行系统的银行机构。在这种情况下应采取“先直后横”方式在汇出地办理转汇。即由汇出行通过系统内电子汇划将款项划至异地本系统的转汇行，然后由本系统转汇行与同城跨系统的汇入行办理转汇和清算资金。
甲地汇出行应编制如下会计分录：
借：活期存款——付款人
贷：清算资金往来——联行往来
乙地转汇行应编制如下会计分录：
借：清算资金往来——联行往来
贷：存放中央银行款项（或存放同业款项）乙地汇入行应编制如下会计分录：
借：存放中央银行款项（或存放同业款项）
贷：活期存款——收款人
（3）“先直后横再直”的方式：
该方式适用于汇出行和汇入行所在地均为单设机构地区时汇划款项。在该种方式下需要选择一个汇出行和汇入行的转汇行为为双设机构地区代为划转。做法是：首先，汇出行通过系统内电子汇划将款项划至双设机构地区的本系统转汇行；其次，本系统转汇行与同城跨系统转汇行办理转划并清算资金；最后，跨系统转汇行再通过系统内电子汇划将款项划转至汇入行。
甲地汇出行应编制如下会计分录：
借：活期存款——付款人
贷：清算资金往来——联行往来
乙地汇出行的转汇行应编制如下会计分录：
借：清算资金往来——联行往来
贷：存放中央银行款项（或存放同业款项）
乙地汇入行的转汇行，应编制如下会计分录：
借：存放中央银行款项（或存放同业款项）
贷：清算资金往来——联行往来
丙地汇入行应编制如下会计分录：
借：清算资金往来——联行往来
贷：活期存款——收款人
（4）通过人民银行转汇：
跨系统的大额汇划款项，按规定通过中央银行转汇。划款程序为：由汇出行将款项划至当地人民银行，再由当地人民银行通过联行划至汇入行所在地人民银行，最后由汇入行所在地人民银行将款项划至汇入行。
甲地汇出行应编制如下会计分录：
借：活期存款——付款人
贷：存放中央银行款项
甲地人民银行应编制如下会计分录：
借：××银行准备金存款——汇出行
贷：清算资金往来——联行往来
乙地人民银行应编制如下会计分录：
借：清算资金往来——联行往来
贷：××银行准备金存款——汇入行
乙地汇入行应编制如下会计分录：
借：存放中央银行款项
贷：活期存款——收款人
同城票据交换业务
同城票据交换是指在同一城市（区域）范围内，各商业银行之间，按照规定的时间，集中到指定地点（票据交换所），相互交换代收、代付票据，然后轧计差额，并清算应收或应付资金的办法。相关账务处理如下：
（1）提出行的核算
对于提出的借方票据，应编制如下会计分录：
借：清算资金往来——同城票据清算
贷：活期存款——××单位
对于提出的贷方票据，应编制如下会计分录：
借：活期存款——××单位
贷：清算资金往来——同城票据清算
（2）提入行的核算
提入行的核算与提出行的会计分录正好相反。
（3）票据交换差额清算的处理
票据交换差额清算应收差额=提出借方票据金额+提入贷方票据金额某行票据交换应付差额=提出贷方票据金额+提入借方票据金额
对每个参加票据交换的各行处而言，票据交换差额最后只有一种结果，要么是应收差额，要么是应付差额，而且所有参加票据交换的各行的应收差额之和应等于应付差额之和。各行处对各自应收差额或应付差额应如数开准备金存款或支款凭证交票据交换所（人民银行）办理转账。
①应付差额行转账应编制如下会计分录：
借：清算资金往来——同城票据清算
贷：存放中央银行款项
②应收差额行转账应编制如下会计分录：
借：存放中央银行款项
贷：清算资金往来——同城票据清算
③人民银行为各行清算票据交换差额应编制如下会计分录：
借：××银行准备金存款——应付差额行
贷：××银行准备金存款——应收差额行
