如果是管理不善导致的非正常损失，进项税额不能抵扣。如果是自然灾害导致的非正常损失，进项税额可以抵扣。非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。
非正常损失的项目包括哪些？
1、非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
2、正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务和交通运输服务。
3、非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
4、非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
5、纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
非正常损失的账务处理
非正常损失批准之前账务处理：
借：待处理财产损益
贷：原材料
应交税费——应交增值税（进项税额转出）
批准之后账务处理：
借：营业外支出
其他应收款
贷：待处理财产损益
非正常损失的购进货物的进项税额转出计算公式
1、非正常损失的购进货物的进项税额转出＝非正常损失的购进货物的损失金额×税率
2、非正常损失的在产品、产成品的进项税额转出在产品＝产成品的损失金额×（年度耗用货物金额÷年度生产成本总额）×税率。
