农民负担审计是审计部门依据农民负担的法律、法规，按照一定的程序，运用专门的方法，对农民负担的税赋、合同内外负担的真实性、合法合规性和合理性进行审查，作出评价，提出审计报告，从而维护农民的合法权益，减轻农民负担的一个监督过程。
自上世纪90年代以来，农村地区的农民负担问题日益突出，已经由经济问题演化为社会问题和政治问题，农民负担审计就是在这种情况下开展的。我国幅员辽阔，农村地区发展不平衡，情况复杂，因此开展农民负担审计工作量大，任务比较艰巨。同时农民负担审计涉及国家、集体、农民以及许多涉农部门的利益，处理起来也比较棘手。
