清算资金往来在会计实务中指的是“清算资金往来”会计科目，属于资产负债共同性科目，是指用于不同行之间清算的资金，如用于票据或同行款项划拨的准备金（在人行开户），各行之间的清算代理资金等。
“清算资金往来”借方科目表示划付清算资金，贷方科目表示收到的清算资金。期末如果为借方余额，反映该银行应收的清算资金，即为银行资产；如果期末为贷方余额，则反映银行应付的清算资金，就是银行的负债。
1、清算资金往来科目核算企业（银行）间业务往来的资金清算款项。
2、清算资金往来科目可按资金往来单位，分别“同城票据清算”、“信用卡清算”等进行明细核算。
1、同城票据清算业务的主要账务处理：
（一）提出借方凭证，借记“清算资金往来”科目，贷记“其他应付款”科目。发生退票，借记“其他应付款”科目，贷记“清算资金往来”科目。已过退票时间未发生退票，借记“其他应付款”科目，贷记“吸收存款”等科目。提出贷方凭证，借记“吸收存款”等科目，贷记“清算资金往来”科目；发生退票做相反的会计分录。
（二）提入借方凭证，提入凭证正确无误的，借记“吸收存款”等科目，贷记“清算资金往来”科目。因误提他行凭证等原因不能入账的，借记“其他应收款”科目，贷记“清算资金往来”科目。再提出时，借记“清算资金往来”科目，贷记“其他应收款”科目。
提入贷方凭证，提入凭证正确无误的，借记“清算资金往来”科目，贷记“吸收存款”等科目。因误提他行票据等原因不能入账的，借记“清算资金往来”科目，贷记“其他应付款”科目。退票或再提出时，借记“其他应付款”科目，贷记“清算资金往来”科目。
（三）将提出凭证和提入凭证计算轧差后为应收差额的，借记“存放中央银行款项”等科目，贷记“清算资金往来”科目；如为应付差额做相反的会计分录。
2、发生的其他清算业务，收到的清算资金，借记“存放中央银行款项”等科目，贷记“清算资金往来”科目；划付清算资金时做相反的会计分录。
