海关进口增值税专用缴款书是增值税抵扣凭证之一，实行“先比对后抵扣”的管理办法，增值税一般纳税人进口货物取得海关缴款书，需要申报税务机关稽核比对相符后，缴款书上的增值税额才可以抵扣。
海关进口增值税专用缴款书如何抵扣？
具体流程如下：
一、先下载“通用税务数据采集软件”
使用现行“通用税务数据采集软件”采集我们要抵扣的海关进口增值税专用缴款书，
二、数据采集
1.打开下载的软件系统，点击“海关完税凭证抵扣清单”→“新增报表”;
2.输入所属区间。
3.点击“新增”，录入需采集的海关缴款书信息。包括专用缴款书号码、进口口岸代码、进口口岸名称、填发日期、税款金额这五项，一定要准确无误，信息一致，否则会稽核不通过。
4.录入完毕并检查无误后，将数据导出。
三、上传数据
导出数据之后，登陆当地市电子税务局，进入“我要查询--稽核结果查询—海关完税专用缴款书”窗口，把数据上传至主管税务机关进行稽核比对，每月可报送多次。注意在上传时选择后缀为JK的文件。
上传完毕后还要在“海关专用缴款书数据上传状态查询”模块查看数据是否上传成功。
如果显示信息“接收成功”就说明上传完成，然后等待稽核结果就可以了。
税务机关会按照每个月为一个稽核期，对海关缴款书数据进行稽核比对，。
四、下载确认
税务机关会于每月纳税申报期内提供上月《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》。我们可以查询稽核比对结果信息，每月只能确认一次，一旦确认，不可更改。
五、确认《海关进口增值税专用缴款书稽核结果通知书》后，就可以进行“海关专用缴款书稽核结果通知书打印”或“海关专用缴款书稽核结果通知书明细查询”
六、填写增值税纳税申报表
分为两种情况，一种是已申请稽核但尚未取得稽核相符结果的，需要填列《增值税纳税申报表》(一般纳税人适用)附表二“待抵扣进项税额”中的“海关进口增值税专用缴款书”栏，将海关缴款书上的进项税额填入即可。
另一种情况是稽核结果通知书中稽核结果为相符的，将海关缴款书份数、税额填写在《增值税纳税申报表》附表二第5栏。
